菌絲潔白，像細羊毛狀，毛短整齊，濃密，粗壯有力，齊頭并進地延伸直至瓶底，生長均勻，上下一致，挖出來成塊，不松散。 

　　菌絲長滿瓶后，在菌體表面一般會分泌出褐色水珠。以后在瓶壁四周和表面出現淺黃色透明膠質耳芽。 

　　菌種柱與瓶壁緊貼，瓶內壁附有少量白色水珠的為新鮮菌種。若瓶底有淺黃色積水，菌柱離壁干縮，為老化菌種，不能使用。 

　　正常的菌種有黑木耳特有的芳香氣味，若有臭味和霉味，或出現斑塊狀及球狀不發菌的現象，是細菌污染，若有其它紅、綠、黃、黑等色，說明已被雜菌污染，也不能使用。 

　　培養基與瓶壁之間若出現淺黑色的膠質物（耳基），說明是早熟或擴接次數過多的菌種，栽培后耳片小，數量多，不易長大，品質差，產量低，應予淘汰。 

　　若瓶內可以看到木顆粒而菌絲很少，說明培養時間太短，應繼續培養。若培養一段時間后沒什么顯著變化，說明培養基營養不足，應予補充。 

　　如果菌種長至一半左右或一個角落不再繼續生長，可能是太干或太濕之故。若菌絲生長整齊，濃密，突然出現稀疏，并有一明顯的分界，說明上部料適中，下部壓得過實過密。 

　　種木和枝條菌種的表面和內部均應長滿白色綿狀菌絲，若剖開后不見菌絲，說明種木和枝條太濕，菌絲發育時間太短，應繼續培養。